DnaMan是美国Lynnon Biosoft公司推出的一款高度集成化的分子生物学综合应用软件,主要用于多序列比对、PCR引物设计、质粒绘图、蛋白质分析、限制性酶切分析等方面,功能几乎包括了所有日常的核酸、蛋白质序列的分析工作,非常适合生物学研究领域使用。提供图形分析功能,用户可以将实验室的数据发布到软件上,通过软件的自动统计和图表功能可以得到详细的数据走势分析,为后面的生物研究实验提供重要的参考数据。PCR引物设计功能可以扩增模板DNA要求的PCR引物,比如PCR产物大小,引物长度,Tm,GC组成和盐浓度的范围等等,还支持从文本文件导入数据,可以说是一款非常优秀的生物学综合应用软件,对于从事生物研究工作的朋友会有极大帮助。
一、将待分析序列装入Channel
1.通过File|Open 命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。(初始为 channel1)可以通过激活不同的channel(例如:channel5)来改变序列装入的Channel2.通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,要分析的片段等参数
二、以不同形式显示序列
1.通过Sequence|Display Sequence 命令打开对话框
2.根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式,可选择:
1)显示序列和成分
2)显示待分析序列的反向序列
3)显示待分析序列的反向互补序列
4)显示待分析序列的互补序列
5)显示待分析序列的双链序列
6)显示待分析序列的对应RNA序列
3.参数说明如下
Results 分析结果显示
其中包括:Show summary(显示概要) Show sites on sequence(在结果中显示酶切位点)
Draw restriction map(显示限制性酶切图)Draw restriction pattern(显示限制性酶切模式图)
Ignore enzymes with more than(忽略大于某设定值的酶切位点)
Ignore enzymes with less than(忽略小于某设定值的酶切位点)
Target DNA (目标DNA 特性)
circular(环型DNA),dam/dcm methylation(dam/dcm 甲基化)all DNA in Sequence Channel(选择此项,在Sequence Channel 中的所有序列将被分析, 如果选择了Draw restriction pattern,那么当所有的channel 中共有两条DNA 时,则只能选择两个酶分析,如果共有三个以上DNA 时,则只能用一个酶分析。
三、序列同源性分析
1)两序列同源性分析
1.通过Sequence|Two Sequence Alignment 命令打开对话框
2.参数说明如下
Alignment method 比对方法,通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比对),当选择快速比对时,设置较小的k-tuple 值,可以提高精确度,当序列较长时,一般要设置较大的k-tuple 值。(dna 序列:k-tuple 值可选范围2—6;蛋白质序列:k-tuple 值可选范围1—3
2)多序列同源性分析
1.通过打开Sequence|Multiple Sequence Alignment 命令打开对话框
2.参数说明如下
a.从文件中选择参加比对的序列
b.从文件夹中选择参加比对的序列
c.从channel 中选择参加比对的序列
d.从数据库中选择参加比对的序列
e.清除选择的序列(鼠标点击左边显示框中的序列名选择)
f.清除全部序列
1.完美汉化
包括标准资源及非标汉化,并对界面作了调整美化
2.完全汉化
汉化程度达到98%以上(个别专业术语保留不译)
3.完整功能
全功能版,免序列号,无任何功能和时间的限制
戈壁泰山:
功能真的很赞很方便啊,不过在我看来还有一些小的瑕疵,让用户无法更快的上手这款软件,不过总体来说还是挺棒的,不错不错!
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